Das Standardverhalten beim Löschen einer E-Mail-Nachricht von einem E-Mail-Archiv kann in Abhängigkeit der E-Mail-Anwendung unterschiedlich sein. In Verbindung mit Lotus Notes ist ein “weiches Löschen” möglich. Das bedeutet, dass eine Nachricht in einem speziellen Ordner (“Trash”) für einen bestimmten Zeitraum (Standard: 48 Stunden) aufbewahrt wird. Danach erst wird die Nachricht permanent gelöscht. Outlook verhält sich in dieser Hinsicht ähnlich wie Lotus Notes. Gelöschte Nachrichten werden in den “Papierkorb” verschoben, aber es gibt bezüglich dieser Aktion keine Zeitbeschränkung. Outlook löscht eine Nachricht permanent, wenn der Benutzer den Papierkorb leert.
In beiden Fällen repliziert Desktop Agent das Löschen während des nächsten Backup-Vorgangs. Wenn ein Benutzer versehentlich eine Meldung aus einem Mail-Archiv löscht, muss die Meldung wiederhergestellt werden. Da es für E-Mail-Archive keine Versionsverwaltung gibt, sind permanent gelöschte E-Mails nach Ablauf der Zeitfrist oder nach manuellem Leeren des Papierkorbs nicht mehr verfügbar.